基因總覽
PCGF3（polycomb group ring finger 3）是蛋白質編碼基因，產物屬於 Polycomb group（PcG）相關蛋白。其蛋白質是 PRC1-like 多蛋白複合體的組成成員；這類複合體與發育過程中維持多個基因的轉錄抑制狀態有關，相關基因包括 Hox genes。PCGF3 的特色在於參與一種可調節染色質與組蛋白的複合體，並在複合體內調節 RNF2 的泛素連接酶活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000362003 ★ | 705,832–770,089 | 11 |
| ENST00000419774 | 705,748–734,943 | 6 |
| ENST00000400151 | 705,769–734,479 | 4 |
| ENST00000470161 | 705,769–770,089 | 11 |
| ENST00000870362 | 705,769–770,089 | 12 |
| ENST00000870363 | 705,769–766,602 | 11 |
| ENST00000917776 | 705,769–766,602 | 12 |
| ENST00000954674 | 705,769–770,089 | 12 |
| ENST00000954677 | 705,769–770,089 | 11 |
| ENST00001000514 | 705,769–764,291 | 9 |
| ENST00001104883 | 705,769–734,479 | 5 |
| ENST00001104884 | 705,769–734,479 | 5 |
顯示 12/34 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
PCGF3 是 Polycomb group（PcG）PRC1-like 多蛋白複合體的一員。這類複合體的功能是協助在發育過程中維持許多基因的轉錄抑制狀態，所涉基因包括 Hox genes。其作用與染色質重塑及組蛋白修飾有關，讓基因表現受到持續調控。
PRC1 複合體可使組蛋白 H2A 的 Lys-119 發生單泛素化。這項修飾會改變染色質的可表現性，並使其表現狀態具有可遺傳維持的特性。PCGF3 所在的 PRC1-like 複合體也會調節 RNF2 的泛素連接酶活性；此項調節與複合體執行組蛋白修飾的功能相連。
在另一項特定功能中，PCGF3 與 PCGF5 具有冗餘作用：兩者作為 PRC1-like 複合體的一部分，促進 X 染色體上組蛋白 H2A Lys-119 的單泛素化。此功能對 XX 女性正常沉默其中一份 X 染色體是必要的。這項關於 X 染色體沉默的描述標示為依相似性推論，應保留其證據性質，不視為已明確限定於所有情境的結論。
Promoter 與基因調控
>PCGF3 ENST00000362003 GRCh38 chr4:704832-705932 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATGCCGCCCGTACTGCTCCACCCTGGCGGAGGGCACCCAGGTCGGAGAGTCCGCACGTGGGTGCCCTGTC CGTCCTGATGCTGAACATAACCTAAATACAAGCCTAAACATGACCAGACCCGAACCCCTGACCCTGACCC CACCCCTAATCCTGACCCTAACCCTAAACCCAACCCTAACCCTAAACCTAACCCCTAACTCTGACCCTAC CCCTAATCCTGACCCTAACCGTAAAACCAACCCTAACCCTAACCCCTAATGCTGACCCTAACCCTAAATC CAGTCCTAACCCTGACTCTAACCCTAACCCTGACCCTAACCCTAAAACCCAACCCTAACCCTAACCCTGA CCCTAACCCTAAACCCAACCCTAACCCTAGACCAGACCCTAACCCCTGACCCTGACCCCACCCCTAATCC TGACCCTAACCATAAACCCAACCCTAACCCTAACCCCTAATGCTGACCCTAGCCCTAAACCCAGTCCTAA CCCTGACTCTAACCCCTAACCCTGACCCTAAACCTAAACCCAACCCTAACCCTGACTCTGACCCCTAACC CGACCCCTGACCCTAACACCGACCCTTAACCCTGCCGGGAGGGCGCTCAGTCCCGGCTCCCACAAAGGAC AGCAGCACCCGTACTGGACGGCACCCCCGGAGGGACCCGGGCCTGAGGACTCTGCTGCTCCAGCGCCCCA GCTCACGATCGTCCAGGACCCGTCGGGTCCCTCAGCACAGCGCGGCCCTGTCGCTCTCCTGACCACGCCC CTCATGGCCCCGCCCTATGCCTCGCCCCTGGCCCTCGCGCCCCGCGGCTCCCTCCGCCGAGTCCAGGCCC GACGCGCCTGCGCCCTCTGAACACGCCCCTCCCCGCCCCTATCCCCACCCCTTACCGCCTGGCCCCGCCC ACGCCCCTTGCCGCGGGGTGGGAGCCCAGACGCACACCGCGCATGCTCCGAGCGCGGCGCCCCCGACGCG GCGCTCGGCTCGGCTCGGGCATTTCCGCCTCTTTGTTTTAAACTCCGGACGGGCTTTTTTCTCCTCCTCT TGGGGGGGACCCAGAGGGAGCGGCGCCCCCTCCCCCCTCCGGCGCGGACCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：242 aa
PCGF3 蛋白質長 242 個胺基酸，具有位於第 17 至 56 位的 RING-type zinc finger。第 115 至 149 位被註記為無序區域；第 132 至 242 位則標示為與 BCORL1 互作的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
PCGF3 位於細胞核及核質。 非編碼 RNA Xist 會將 PCGF3 招募至特定核內聚集點；這些聚集點可能對應於失活的 X 染色體。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- BCORQ6W2J9-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX6O95503 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CBX7O95931 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX8Q9HC52 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PHC2Q8IXK0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RING1Q06587 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- RNF2Q99496 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- PHC1P78364 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
PCGF3 是含有 RNF2 與 RYBP 的 PRC1-like 複合體成員。另有互作紀錄指出，PCGF3 與 CBX6、CBX7、CBX8 及 BCORL1 互作；來源未進一步界定這些互作是否屬於同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | PCGF3 是 Polycomb group PRC1-like 多蛋白複合體的成員，該類複合體在發育期間維持包括 Hox genes 在內多個基因的轉錄抑制狀態。複合體藉由染色質重塑與組蛋白修飾，使組蛋白 H2A Lys-119 單泛素化，並改變染色質可表現性；PCGF3 也調節 RNF2 泛素連接酶活性。依相似性推論，PCGF3 與 PCGF5 共同參與 X 染色體修飾，對 XX 女性正常沉默其中一份 X 染色體具有冗餘作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of a Polycomb group (PcG) multiprotein PRC1-like complex, a complex class required to maintain the transcriptionally repressive state of many genes, including Hox genes, throughout development. PcG PRC1 complex acts via chromatin remodeling and modification of histones; it mediates monoubiquitination of histone H2A 'Lys-119', rendering chromatin heritably changed in its expressibility. Within the PRC1-like complex, regulates RNF2 ubiquitin ligase activity. Plays a redundant role with PCGF5 as part of a PRC1-like complex that mediates monoubiquitination of histone H2A 'Lys-119' on the X chromosome and is required for normal silencing of one copy of the X chromosome in XX females (By similarity) PMID 26151332 ↗ |
| 交互作用 | PCGF3 是含有 RNF2 與 RYBP 的 PRC1-like 複合體成員。另有互作紀錄顯示，PCGF3 與 CBX6、CBX7、CBX8 及 BCORL1 互作；這些互作資訊並未進一步說明各分子間的複合體組成或功能關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of a PRC1-like complex that contains PCGF3, RNF2 and RYBP. Interacts with CBX6, CBX7 and CBX8. Interacts with BCORL1 PMID 21282530 ↗ · PMID 26151332 ↗ · PMID 27568929 ↗ |
| 細胞定位 | PCGF3 位於細胞核與核質。非編碼 RNA Xist 會將 PCGF3 招募至特定核內聚集點，而這些聚集點可能對應於失活的 X 染色體；來源對聚集點與失活 X 染色體的對應關係保留可能性描述。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, nucleoplasm; Recruited by the non-coding RNA Xist to specific nuclear foci that probably correspond to the inactivated X chromosome PMID 21282530 ↗ |
| 功能 | Polycomb group（PcG）蛋白透過染色質表觀遺傳機制，維持數百個與發育、訊息傳遞或癌症相關基因的轉錄抑制。果蠅研究辨識出兩類相關蛋白複合體 PRC1 與 PRC2；果蠅核心 PRC1 的四個次單元分別在脊椎動物中對應至 CBX、RING1/RNF2、PHC 與 BMI1/PCGF 家族。研究以串聯親和純化結合串聯質譜分析 CBX 家族蛋白的互作對象，發現不同 CBX 蛋白可形成互斥且彼此有別的 PRC1 類複合體，並以不同效率與其他 PRC1 成分互作。蛋白激酶 2 與所有 CBX-PRC1 複合體相關；14-3-3 蛋白則特異性結合 CBX4，可能調節 CBX4 與 BMI1/PCGF 成分的互作，但不影響 CBX4-RING1/RNF2 互作。作者提出，CBX 蛋白互作差異至少部分可解釋其核內不同定位。 | 文獻摘要 | 證據與來源Polycomb group (PcG) proteins maintain transcriptional repression of hundreds of genes involved in development, signaling or cancer using chromatin-based epigenetic mechanisms. Biochemical studies in Drosophila have revealed that PcG proteins associate in at least two classes of protein complexes known as Polycomb repressive complexes 1 and 2 (PRC1 and PRC2). Drosophila core PRC1 is composed of four subunits, Polycomb (Pc), Sex combs extra (Sce), Polyhomeotic (Ph), and Posterior sex combs (Psc). Each of these proteins has multiple orthologs in vertebrates classified respectively as the CBX, RING1/RNF2, PHC, and BMI1/PCGF families. Mammalian genomes encode five CBX family members (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7, and CBX8) that are believed to have distinct biological functions. Here, we applied a tandem affinity purification (TAP) approach coupled with tandem mass spectrometry (MS/MS) methodologies in order to identify interacting partners of CBX family proteins under the same experimental conditions. Our analysis identified with high confidence about 20 proteins co-eluted with CBX2 and CBX7 tagged proteins, about 40 with CBX4, and around 60 with CBX6 and CBX8. We provide evidences that the CBX family proteins are mutually exclusive and define distinct PRC1-like protein complexes. CBX proteins also interact with different efficiencies with the other PRC1 components. Among the novel CBX interacting partners, protein kinase 2 associates with all CBX-PRC1 protein complexes, whereas 14-3-3 proteins specifically bind to CBX4. 14-3-3 protein binding to CBX4 appears to modulate the interaction between CBX4 and the BMI1/PCGF components of PRC1, but has no effect on CBX4-RING1/RNF2 interaction. Finally, we suggest that differences in CBX protein interactions would account, at least in part, for distinct subnuclear localization of the CBX family members. PMID 21282530 ↗Interaction proteomics analysis of polycomb proteins defines distinct PRC1 complexes in mammalian cells. · cc by |
核酸與蛋白質序列
ATTTCCGCCTCTTTGTTTTAAACTCCGGACGGGCTTTTTT40CTCCTCCTCTTGGGGGGGACCCAGAGGGAGCGGCGCCCCC80TCCCCCCTCCGGCGCGGACCCCGCGTGCGCCTTGCTCGCC120CGCAGCCCCGAGACCGCAGGCGTCACAATGTAGCAGGGAC160CCCAGGCGTCGTGCTCAGAAAATGGAAAAAGAGCCAGGGC200CGGAAGGAGGGTGCAGAAGCGAGTCCGCGTGCGGAGCCAG240GAGGCAGCGTCGCGTGGGAGTGCTGGCCTGAAGCCTCCAT280GCCCCGGCAGAGGGACGGACACGCGGACGTCTAGCGGAGA320AGCCAAAGATGTTGACCAGGAAGATCAAGCTGTGGGACAT360CAACGCCCACATCACCTGCCGCCTGTGCAGCGGGTACCTC400ATCGACGCCACCACGGTGACCGAGTGTCTGCACACCTTCT440GCAGGAGCTGCCTGGTGAAGTACCTGGAGGAGAACAACAC480CTGCCCCACCTGCAGGATTGTGATCCACCAGAGCCACCCC520CTGCAGTACATCGGTCATGACAGAACCATGCAAGATATTG560TTTACAAATTGGTACCAGGCCTCCAAGAAGCGGAAATGAG600AAAGCAGAGGGAGTTCTATCACAAATTGGGCATGGAGGTG640CCGGGAGACATCAAGGGGGAGACCTGCTCTGCAAAACAGC680ACTTAGATTCCCATCGGAATGGTGAAACCAAAGCAGACGA720CAGTTCAAACAAAGAGGCCGCGGAGGAGAAGCCGGAGGAG760GACAACGACTACCACCGCAGCGACGAGCAGGTGAGCATCT800GCCTGGAGTGTAACAGCAGCAAACTGCGCGGGCTGAAGCG840GAAGTGGATCCGCTGCTCAGCCCAGGCGACCGTCTTGCAT880CTGAAGAAGTTCATCGCCAAAAAACTCAACCTTTCATCCT920TTAACGAGCTGGACATTTTATGCAACGAGGAGATCCTGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。