演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

NBEAP1BCL8A

neurobeachin pseudogene 1

NBEAP1 為人類假基因(pseudogene),此頁收錄已核對的名稱、分類與基因座資訊。

Homo sapiens15q11.2
OFFICIAL SYMBOL
NBEAP1
CHROMOSOME
15
LOCUS TYPE
transcribed_unprocessed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

NBEAP1 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 neurobeachin pseudogene 1。來源記錄的類型為 pseudogene。此基因座位於 15q11.2。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。

Official symbol
NBEAP1
Gene name
neurobeachin pseudogene 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:1007
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BCL8ABCL8

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q11.2
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegNBEAP1pq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr15:20,657,638–20,688,408
Gene span
30,771 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000554452 ★20,657,638–20,688,4088

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前可用來源未提供可採用的功能註解。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 20688408 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>NBEAP1 ENST00000554452 GRCh38 chr15:20688308-20689408 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCCTAGATAATGACACATACTTTATGCAGTTA
AAGTTTAAGTTCCTATACTTCTAATTAAAGATTGGGTATTTAATGATGACAGTTCTTTTTGCCTTTGTAT
GCATTCACAATTCTTTTTGTTACTTTATTGAAGGACCAAAAGTACTTCTTACATATATGATTCTTGCTTA
TTCATTCTAAGGTGTGAAATAGCCTTTGAGGATAGGGGAAGGGAACTGAGCCATGACTGCTTTCCCTGGT
TTGGGTGGGTGGGGTGTAAGATGTAGAGGCTGGAAAGATCTTAAGCTTTTGACTTCTTCAGTGCTGAATT
CCTCAATGTGGAGAGCACTGTACCATCTGCTTTAAGCAGCAGATTATAGTCTTATTGTGTGTTTCGTTCT
GTGTAGTTCCTACTCACACACGAGCGGGGATTTATTTTCTTTGTGTGTTTTACTAAATATGGAGGAGTAG
AGGAATAGATTCATAATTTCAAAAATAAAGTTGAATTTAAAAAATTAGACCCTATGTTTTCATGATTACA
TTTTGGAATAGTCATTCCCTTGATTCAGATCAATCTCTATATATGGATCATTATACATCATGACAGTTTT
AAATTATTTTAACGTTTGTAAATAAATAAATATAAGCTATTTTGCCTTTAACTATAATATTTGAAAAGTA
AGTCGGAAGACTGAGTAGGTGGCTATTGTTTTGTTTGCTTAAATGTAAGTGTAAAACATGTAATTGGTCA
TTTTTCCCAAAAAACTTGACTGGCATTTATTATTTAAATAATAAAGTCTTAATTGATGCTTTCTTCTATT
ATTATTGTTATATTTTAAAATATTCCTAAAGGCCGATTTAAGGATTTAAACCTTTTCATCATTAAAAATA
ATGCATTTTTAATGACTTTTAAAAATAGAGCTATGACAAGTGCTTTCGTGGTTCATCAGAAACTGCTGAT
GCAAATAGCGTATTCTGTGCTCAACTTGTTGCCGTTCAGTGAAGCACTCAA
NBEAP1 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

NBEAP1 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000554452 ★transcribed_unprocessed_pseudogene973 nt8

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000554452 · 973 nt · GRCh38
完整非編碼 RNA 轉錄本的參考序列。
1AAAAATAGAGCTATGACAAGTGCTTTCGTGGTTCATCAGA40
41AACTGCTGATGCAAATAGCGTATTCTGTGCTCAACTTGTT80
81GCCGTTCAGTGAAGCACTCAACCCAGCACAGATATTTGCA120
121ATTCATCAGTTAGGACCTAGATATAAGGTAGTAATAACTG160
161TAATTTTATAAATTCTAGAGAGCGTTTTAGATTGCTACTC200
201TTTCGGCATTCCTGGTTGAACTACTTAAAAGTTCAGTAGC240
241CATGCAAGAACAGGTGCTGGGTGGAAAAGGCTTTTTAGTT280
281ATTGGCTAATTACTTGAAACGTCATCAAGAGTTCATATAA320
321CTAGACCTGTCTTGGAGCAATTTTTATCTTTTGCAAAATA360
361CCTTGATGGTTTATCTCATGGAGTACCTTTGCTGAAGCAG400
401CTTTGTGATCATATTTTGTTTATTAACCCAGCCATCTGGA440
441TACATACACCTGCAAAGGTTCAACTTTCCCTATATACATA480
481TTTGTCTGCTGAATTTATTGGAACTGCTACCATCTACACC520
521ACCATATGCAGAATAGGAACAGTTATTAAAGATAATGCAC560
561ACCTTAAAATATTACTACTGGGTTATTAATCCTGCTGACA600
601GTAGTGGCATTACACCTAAAGGATTAGATGGTCCCCAGCC640
641ATCACAAAAAGAAATTATATCACTGAGGGCATTTATGCTA680
681CTTTTTCTGAAACAGCTCATACTAAAAATCAAAGGGTCAA720
721AGAAGATGAACTTCAGAGTATATTAAATTACCTTCTTACA760
761ATACATGAGGATGAAAATATTCATGATGTGCTACAGTTAC800
801TGGTGGCTTTAATGTCAGAACACCCAGCCTCAATGATACC840
841AGTATTTAATCAAAGAAATGGAATAAGGGTGATCTACAAT880
881TTATTGGCTTCTAAAAGTGAAAGTATTTGGGTTCAAGCTT920
921TGAAGGTTCTGGGATACTTTCTGAAGCATTTAGGTCAGAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。