基因總覽
MALAT1 的正式名稱為 metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1，屬於非編碼 RNA，產物不是蛋白質。此基因產生前驅轉錄本，經 RNase P 從 3' 端切除一段類似 tRNA 的小型非編碼 RNA mascRNA，形成成熟轉錄本。成熟 MALAT1 沒有典型的 poly(A) 尾端，而是由 3' 端三股螺旋結構穩定。來源指出，這個轉錄本保留於細胞核，並被認為可作為核糖核蛋白複合體的分子支架。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000850956 ★ | 65,499,045–65,506,516 | 1 |
| ENST00000534336 | 65,497,606–65,508,073 | 1 |
| ENST00000619449 | 65,497,664–65,502,964 | 3 |
| ENST00000710927 | 65,497,688–65,499,847 | 2 |
| ENST00000710852 | 65,497,708–65,499,782 | 2 |
| ENST00000710925 | 65,497,708–65,506,469 | 3 |
| ENST00000783044 | 65,497,726–65,504,463 | 4 |
| ENST00000783047 | 65,497,746–65,500,533 | 4 |
| ENST00000710855 | 65,497,755–65,499,792 | 2 |
| ENST00000783048 | 65,497,762–65,499,990 | 2 |
| ENST00000783049 | 65,498,006–65,499,966 | 3 |
| ENST00000710874 | 65,498,142–65,499,845 | 3 |
顯示 12/73 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MALAT1 的成熟轉錄本保留於細胞核，被認為可形成核糖核蛋白複合體的分子支架。來源以推測語氣描述這項作用，並未進一步列出複合體成員或支架形成的具體方式，因此不宜將其延伸解讀為已確立的分子結合機制。
來源也指出，MALAT1 可能調控多種基因的轉錄，其中包括部分與癌症轉移及細胞遷移相關的基因；但未提供特定靶基因、調控方向或作用條件。因而目前可據此描述其可能涉及轉錄調控，不能進一步推定它對所有相關基因具有一致的促進或抑制效果。
此外，MALAT1 被描述為參與細胞週期調節。來源未詳述其介入的細胞週期階段或調控途徑。多種癌性組織中 MALAT1 表現量上升，與腫瘤細胞增殖及轉移相關；這項敘述是關聯性描述，不能單獨證明 MALAT1 上升會造成腫瘤增殖或轉移。整體來說，來源支持其可能涉及轉錄調節、細胞週期，以及與腫瘤細胞增殖和轉移相關的生物學現象，但具體機制仍未在此摘要中說明。
Promoter 與基因調控
>MALAT1 ENST00000850956 GRCh38 chr11:65498045-65499145 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTTCCTGCTCCGGTTCAGAAGGTCTGAAGCTCATACCTAACCAGGCATAACACAGAATCTGCAAAACAA AAACCCCTAAAAAAGCAGACCCAGAGCAGTGTAAACACTTCTGGGTGTGTCCCTGACTGGCTGCCCAAGG TCTCTGTGTCTTCGGAGACAAAGCCATTCGCTTAGTTGGTCTACTTTAAAAGGCCACTTGAACTCGCTTT CCATGGCGATTTGCCTTGTGAGCACTTTCAGGAGAGCCTGGAAGCTGAAAAACGGTAGAAAAATTTCCGT GCGGGCCGTGGGGGGCTGGCGGCAACTGGGGGGCCGCAGATCAGAGTGGGCCACTGGCAGCCAACGGCCC CCGGGGCTCAGGCGGGGAGCAGCTCTGTGGTGTGGGATTGAGGCGTTTTCCAAGAGTGGGTTTTCACGTT TCTAAGATTTCCCAAGCAGACAGCCCGTGCTGCTCCGATTTCTCGAACAAAAAAGCAAAACGTGTGGCTG TCTTGGGAGCAAGTCGCAGGACTGCAAGCAGTTGGGGGAGAAAGTCCGCCATTTTGCCACTTCTCAACCG TCCCTGCAAGGCTGGGGCTCAGTTGCGTAATGGAAAGTAAAGCCCTGAACTATCACACTTTAATCTTCCT TCAAAAGGTGGTAAACTATACCTACTGTCCCTCAAGAGAACACAAGAAGTGCTTTAAGAGGTATTTTAAA AGTTCCGGGGGTTTTGTGAGGTGTTTGATGACCCGTTTAAAATATGATTTCCATGTTTCTTTTGTCTAAA GTTTGCAGCTCAAATCTTTCCACACGCTAGTAATTTAAGTATTTCTGCATGTGTAGTTTGCATTCAAGTT CCATAAGCTGTTAAGAAAAATCTAGAAAAGTAAAACTAGAACCTATTTTTAACCGAAGAACTACTTTTTG CCTCCCTCACAAAGGCGGCGGAAGGTGATCGAATTCCGGTGATGCGAGTTGTTCTCCGTCTATAAATACG CCTCGCCCGAGCTGTGCGGTAGGCATTGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCTTCTGCTGAGGGGGCAGGCGGAG CTTGAGGAAACCGCAGATAAGTTTTTTTCTCTTTGAAAGATAGAGATTAAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MALAT1_1 ↗ | 11:65,499,045 | 正股 | 65,498,996–65,499,055 |
| MALAT1_2 ↗ | 11:65,500,240 | 正股 | 65,500,191–65,500,250 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_9XZTT · promoter · 65493959–65494459 · regulatory
ENSR11_C8HGW · enhancer · 65495912–65497599 · regulatory
ENSR11_83WZSQ · promoter · 65497600–65497756 · regulatory
ENSR11_C8HH2 · enhancer · 65497757–65498893 · regulatory
ENSR11_83WZTH · promoter · 65498894–65499066 · regulatory
ENSR11_9XZXC · enhancer · 65499067–65499518 · regulatory
ENSR11_BGZZF · promoter · 65500519–65501407 · regulatory
ENSR11_9XZZ8 · promoter · 65502124–65502624 · regulatory
ENSR11_9XZZG · promoter · 65502859–65503359 · regulatory
· motif · 65494415–65494430 · motif
· motif · 65494420–65494432 · motif
· motif · 65494423–65494438 · motif
· motif · 65494632–65494644 · motif
· motif · 65494634–65494649 · motif
· motif · 65494691–65494702 · motif
· motif · 65495384–65495396 · motif
· motif · 65496493–65496508 · motif
· motif · 65497387–65497397 · motif
· motif · 65497450–65497460 · motif
· motif · 65497500–65497511 · motif
· motif · 65497500–65497511 · motif
· motif · 65497585–65497595 · motif
· motif · 65497587–65497600 · motif
· motif · 65497664–65497674 · motif
· motif · 65497716–65497726 · motif
· motif · 65497718–65497731 · motif
· motif · 65497809–65497819 · motif
· motif · 65497948–65497963 · motif
· motif · 65498255–65498265 · motif
· motif · 65498578–65498588 · motif
· motif · 65498626–65498635 · motif
· motif · 65498626–65498635 · motif
· motif · 65498653–65498665 · motif
· motif · 65498926–65498937 · motif
· motif · 65499102–65499110 · motif
· motif · 65499109–65499115 · motif
· motif · 65499182–65499193 · motif
· motif · 65499550–65499559 · motif
· motif · 65500383–65500396 · motif
· motif · 65500383–65500396 · motif
· motif · 65500844–65500854 · motif
· motif · 65500894–65500903 · motif
· motif · 65500894–65500905 · motif
· motif · 65501209–65501219 · motif
· motif · 65501234–65501244 · motif
· motif · 65501236–65501246 · motif
· motif · 65501302–65501310 · motif
· motif · 65501468–65501490 · motif
· motif · 65501468–65501490 · motif
· motif · 65501486–65501508 · motif
· motif · 65501555–65501566 · motif
· motif · 65502418–65502429 · motif
· motif · 65502658–65502666 · motif
· motif · 65502830–65502843 · motif
· motif · 65502920–65502931 · motif
· motif · 65503190–65503196 · motif
· motif · 65503609–65503620 · motif
· motif · 65503651–65503664 · motif
· motif · 65504028–65504039 · motif
RNA 轉錄本與序列
MALAT1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000850956 ★ | lncRNA | 7,472 nt | 1 |
| ENST00000534336 | lncRNA | 10,468 nt | 1 |
| ENST00000619449 | lncRNA | 4,251 nt | 3 |
| ENST00000710927 | lncRNA | 1,344 nt | 2 |
| ENST00000710852 | lncRNA | 972 nt | 2 |
| ENST00000710925 | lncRNA | 506 nt | 3 |
| ENST00000783044 | lncRNA | 426 nt | 4 |
| ENST00000783047 | lncRNA | 410 nt | 4 |
| ENST00000710855 | lncRNA | 1,804 nt | 2 |
| ENST00000783048 | lncRNA | 1,569 nt | 2 |
| ENST00000783049 | lncRNA | 1,112 nt | 3 |
| ENST00000710874 | lncRNA | 1,097 nt | 3 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
MALAT1 成熟轉錄本保留於細胞核，並被認為可在此形成核糖核蛋白複合體的分子支架。 來源未提供定位隨條件改變的描述，也未指出異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的RNA定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MALAT1 前驅轉錄本經 RNase P 切除 mascRNA，成熟轉錄本以 3' 端三股螺旋結構穩定，而非具有典型 poly(A) 尾端。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源This gene produces a precursor transcript from which a long non-coding RNA is derived by RNase P cleavage of a tRNA-like small ncRNA (known as mascRNA) from its 3' end. The resultant mature transcript lacks a canonical poly(A) tail but is instead stabilized by a 3' triple helical structure. |
| 功能 | 成熟轉錄本保留於細胞核，據推測可作為核糖核蛋白複合體的分子支架。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源This transcript is retained in the nucleus where it is thought to form molecular scaffolds for ribonucleoprotein complexes. |
| 功能 | MALAT1 可能調控多種基因轉錄，包括部分與癌症轉移及細胞遷移相關的基因，並參與細胞週期調節。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源It may act as a transcriptional regulator for numerous genes, including some genes involved in cancer metastasis and cell migration, and it is involved in cell cycle regulation. |
| 功能 | 多種癌性組織中 MALAT1 上調，與腫瘤細胞增殖及轉移相關；來源陳述的是關聯，而非因果。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Its upregulation in multiple cancerous tissues has been associated with the proliferation and metastasis of tumor cells. |
| 細胞定位 | MALAT1 轉錄本留存在細胞核內；研究者認為它可能形成分子支架，供核糖核蛋白複合體組成或維持。此處對其支架作用的描述帶有推測性。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源This transcript is retained in the nucleus where it is thought to form molecular scaffolds for ribonucleoprotein complexes. |
DNA 與 RNA 序列
AGGCATTGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCTTCTGCTGAGGGG40GCAGGCGGAGCTTGAGGAAACCGCAGATAAGTTTTTTTCT80CTTTGAAAGATAGAGATTAATACAACTACTTAAAAAATAT120AGTCAATAGGTTACTAAGATATTGCTTAGCGTTAAGTTTT160TAACGTAATTTTAATAGCTTAAGATTTTAAGAGAAAATAT200GAAGACTTAGAAGAGTAGCATGAGGAAGGAAAAGATAAAA240GGTTTCTAAAACATGACGGAGGTTGAGATGAAGCTTCTTC280ATGGAGTAAAAAATGTATTTAAAAGAAAATTGAGAGAAAG320GACTACAGAGCCCCGAATTAATACCAATAGAAGGGCAATG360CTTTTAGATTAAAATGAAGGTGACTTAAACAGCTTAAAGT400TTAGTTTAAAAGTTGTAGGTGATTAAAATAATTTGAAGGC440GATCTTTTAAAAAGAGATTAAACCGAAGGTGATTAAAAGA480CCTTGAAATCCATGACGCAGGGAGAATTGCGTCATTTAAA520GCCTAGTTAACGCATTTACTAAACGCAGACGAAAATGGAA560AGATTAATTGGGAGTGGTAGGATGAAACAATTTGGAGAAG600ATAGAAGTTTGAAGTGGAAAACTGGAAGACAGAAGTACGG640GAAGGCGAAGAAAAGAATAGAGAAGATAGGGAAATTAGAA680GATAAAAACATACTTTTAGAAGAAAAAAGATAAATTTAAA720CCTGAAAAGTAGGAAGCAGAAGAAAAAAGACAAGCTAGGA760AACAAAAAGCTAAGGGCAAAATGTACAAACTTAGAAGAAA800ATTGGAAGATAGAAACAAGATAGAAAATGAAAATATTGTC840AAGAGTTTCAGATAGAAAATGAAAAACAAGCTAAGACAAG880TATTGGAGAAGTATAGAAGATAGAAAAATATAAAGCCAAA920AATTGGATAAAATAGCACTGAAAAAATGAGGAAATTATTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。