演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

BHMT2

betaine--homocysteine S-methyltransferase 2

BHMT2(betaine--homocysteine S-methyltransferase 2)參與同半胱胺酸代謝調節,可利用 S-methylmethionine 作為甲基供體,將同半胱胺酸轉換為 methionine。

Homo sapiens5q14.1UniProt Q9H2M3
OFFICIAL SYMBOL
BHMT2
CHROMOSOME
5
UNIPROT
Q9H2M3
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

BHMT2 的正式名稱為 betaine--homocysteine S-methyltransferase 2,屬於蛋白質編碼基因。其產物參與同半胱胺酸代謝,並與 methionine 生合成相關。現有資料指出,BHMT2 的蛋白質具有同半胱胺酸結合區域;更具體的結構特色見蛋白質特徵段落。

Official symbol
BHMT2
Gene name
betaine--homocysteine S-methyltransferase 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1048
UniProt
Q9H2M3
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HGNC 未提供其他基因異名。

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 55q14.1
chr5 · 181,538,259 bp · GRCh38chr5p15.33 · 1–4400000 · gnegchr5p15.32 · 4400001–6300000 · gpos25chr5p15.31 · 6300001–9900000 · gnegchr5p15.2 · 9900001–15000000 · gpos50chr5p15.1 · 15000001–18400000 · gnegchr5p14.3 · 18400001–23300000 · gpos100chr5p14.2 · 23300001–24600000 · gnegchr5p14.1 · 24600001–28900000 · gpos100chr5p13.3 · 28900001–33800000 · gnegchr5p13.2 · 33800001–38400000 · gpos25chr5p13.1 · 38400001–42500000 · gnegchr5p12 · 42500001–46100000 · gpos50chr5p11 · 46100001–48800000 · acenchr5q11.1 · 48800001–51400000 · acenchr5q11.2 · 51400001–59600000 · gnegchr5q12.1 · 59600001–63600000 · gpos75chr5q12.2 · 63600001–63900000 · gnegchr5q12.3 · 63900001–67400000 · gpos75chr5q13.1 · 67400001–69100000 · gnegchr5q13.2 · 69100001–74000000 · gpos50chr5q13.3 · 74000001–77600000 · gnegchr5q14.1 · 77600001–82100000 · gpos50chr5q14.2 · 82100001–83500000 · gnegchr5q14.3 · 83500001–93000000 · gpos100chr5q15 · 93000001–98900000 · gnegchr5q21.1 · 98900001–103400000 · gpos100chr5q21.2 · 103400001–105100000 · gnegchr5q21.3 · 105100001–110200000 · gpos100chr5q22.1 · 110200001–112200000 · gnegchr5q22.2 · 112200001–113800000 · gpos50chr5q22.3 · 113800001–115900000 · gnegchr5q23.1 · 115900001–122100000 · gpos100chr5q23.2 · 122100001–127900000 · gnegchr5q23.3 · 127900001–131200000 · gpos100chr5q31.1 · 131200001–136900000 · gnegchr5q31.2 · 136900001–140100000 · gpos25chr5q31.3 · 140100001–145100000 · gnegchr5q32 · 145100001–150400000 · gpos75chr5q33.1 · 150400001–153300000 · gnegchr5q33.2 · 153300001–156300000 · gpos50chr5q33.3 · 156300001–160500000 · gnegchr5q34 · 160500001–169000000 · gpos100chr5q35.1 · 169000001–173300000 · gnegchr5q35.2 · 173300001–177100000 · gpos25chr5q35.3 · 177100001–181538259 · gnegBHMT2pq1 bp181,538,259 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr5:79,069,542–79,090,084
Gene span
20,543 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000255192 ★79,069,767–79,090,0698
ENST0000052156779,069,542–79,090,0697
ENST0000089617779,069,542–79,090,0695
ENST0000089617879,069,542–79,090,0694
ENST0000089617979,069,542–79,090,0698
ENST0000089618079,069,542–79,090,0697
ENST0000089618179,069,542–79,090,0697
ENST0000089618279,069,542–79,090,0697
ENST0000089618379,069,542–79,090,0698
ENST0000089618479,069,542–79,090,0696
ENST0000089618579,069,542–79,090,0698
ENST0000089618679,069,542–79,090,0697

顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

BHMT2 參與同半胱胺酸代謝的調節,其來源所述的反應是以 S-methylmethionine(SMM)作為甲基供體,將同半胱胺酸轉換為 methionine。這項作用將同半胱胺酸與 methionine 的代謝相連,並構成 BHMT2 在胺基酸生合成中的角色。

反應式列出,S-methyl-L-methionine 與 L-homocysteine 反應後,生成兩分子 L-methionine,並釋出一個質子。資料將此反應歸入由 L-homocysteine 合成 L-methionine 的 BhmT 路徑,並標示為該路徑的第一步,也是唯一一步。這些註記描述了 BHMT2 相關反應的底物、產物與路徑位置。

此外,資料指出每個 BHMT2 次單元結合一個鋅離子。這是以次單元為單位的結合資訊;來源未進一步說明鋅離子在催化過程中的作用,因此不宜據此推定其具體機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 79069767 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>BHMT2 ENST00000255192 GRCh38 chr5:79068767-79069867 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACAGACCAATCAAAACAAGGACATGCCATTTTTACCTATCAGATTTAGCAAAGATAACAAAATGGGCTAT
TCTGGGAACCAGGGAAGATGTGGGAAACAGACACACACTGGTGTGCCGCATGCAAACTCTTGCCACCCAC
TTGGAGAATGTGTTGCTGTCTTTCAATCTTTCAGATGCACGTAACCTTTTCCCTAACAAGTTCACCTTTA
AAAACTGTTGCTACCGACTCCCATATGTACTCAAAGATAGATGCCTAAGAATTTTCACATGCACGTTATT
TGCAGTAATAAACAACCAAAAACCATTTAAATGTTAATGAATAGACTAACGATAGTGTAGAATATTGACA
GGATGGAAAACTATGCAGCCATTAAAAGGAACAAGGCAAGTCAGTGTGTGCTGATATGGAACAATCTCCA
AGATATATTGATAATTGTAAAAAGCAAGATGTCAAAAAGCCAAAGGAAAACCTATACTGACCTGTGTTTG
CCTATGCGTAGACTGTCTCTGGTTAGATTCAGAAGACACTATTAACAATTGTTCACTGGCCAAGGGGATT
GGGGCAGGAGAGACTTTACACGGGGAACCTTTGGATACTGTTTCACTTTATAATTAAAAGATAATTCGAG
AAGATATATCAAGGCCTATTTCTTGGAGGCCAGAGCGCTCCTAACCCCTGAGCCTGCCTCAGCCTCTGGC
TCCCACCCCCGCAGCCGCCCCGTCGCCTCTGAGCAGGACGGGGCCCCACTCACCCTTCCCGGCCGCAGAC
AGAGCGCGGGCGCCCGGGGGAGCCCTGCAGCGGGCAGCTCCGCAGCAGGAGGCCCCGCAGCAGCTGCGCG
CCGGGACGGAGCATGACTAGGCCGAGGCCGAGGGCGCAGGCGCCTGCTCCGAGGCCAGCGGGCAGCCTGA
GGCCGCGGGGCCGGCGGGGCGGGGGTCGGATCCTCCCCCCGGGCTGGGGGCGGGCTCCTAGACGGCCGCG
CGCCCGGGAACCCGGCGCCCACAGAGCCGCGGCACCATGGCACCTGCTGGACGCCCGGGGGCCAAGAAGG
TGAGTTTCGTCCCCTCGATCCTCGCGGAGCTCCTGGCCGCTGGGCTGCGAG
BHMT2 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
BHMT2_2 ↗5:79,069,636正股79,069,587–79,069,646
BHMT2_1 ↗5:79,069,769正股79,069,720–79,069,779

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR5_76MJGT · promoter · 79069664–79069777 · regulatory

ENSR5_936DD6 · enhancer · 79070186–79070579 · regulatory

ENSR5_936DFG · enhancer · 79074735–79074993 · regulatory

· motif · 79070514–79070525 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:363 aa

1 aa363 aa結構域
依 Q9H2M3 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

BHMT2 蛋白質長 363 個胺基酸。其第 11 至 305 位胺基酸區段標註為 Hcy-binding 結構域,與同半胱胺酸結合相關。

結構域Hcy-binding11–305 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9H2M3…

AlphaFold · Q9H2M3

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
BHMT2BHMT2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

BHMT2 被註記為同源四聚體,但此資訊標示為依相似性推定。資料另指出 BHMT2 可能與 PRNP 互作;此處的「可能」表示互作尚非確定描述。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

5 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 5 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能BHMT2 參與同半胱胺酸代謝調節,並以 S-methylmethionine(SMM)作為甲基供體,將同半胱胺酸轉換為 methionine。含實驗來源
證據與來源

Involved in the regulation of homocysteine metabolism. Converts homocysteine to methionine using S-methylmethionine (SMM) as a methyl donor

PMID 18230605 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性S-methyl-L-methionine + L-homocysteine = 2 L-methionine + H(+)含實驗來源
證據與來源

S-methyl-L-methionine + L-homocysteine = 2 L-methionine + H(+)

PMID 18230605 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性每個 BHMT2 次單元結合一個鋅離子;此註記描述鋅離子與次單元的結合數量。資料庫紀錄
證據與來源

Binds 1 zinc ion per subunit.

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性BHMT2 相關反應列於胺基酸生合成中的 L-methionine 從頭合成路徑,具體為由 L-homocysteine 合成 L-methionine 的 BhmT 路徑;此路徑標示為一步完成。資料庫紀錄
證據與來源

Amino-acid biosynthesis; L-methionine biosynthesis via de novo pathway; L-methionine from L-homocysteine (BhmT route): step 1/1

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用BHMT2 被註記為同源四聚體,但此組成是依相似性推定;資料另指出 BHMT2 可能與 PRNP 互作,並未將此互作表述為確定。推論支持
證據與來源

Homotetramer (By similarity). May interact with PRNP

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 5 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000255192 · 2,603 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACAGAGCCGCGGCACCATGGCACCTGCTGGACGCCCGGGG40
41GCCAAGAAGGGGATTTTGGAGCGCCTGGAGAGTGGGGAGG80
81TTGTGATTGGAGATGGCAGCTTTCTCATTACTCTGGAGAA120
121GAGAGGCTATGTGAAGGCTGGGCTCTGGACTCCAGAGGCA160
161GTGATAGAACACCCAGACGCAGTTCGTCAACTTCACATGG200
201AATTCTTGAGAGCAGGATCAAATGTCATGCAGACTTTTAC240
241CTTTTCTGCCAGTGAGGACAATATGGAAAGCAAGTGGGAA280
281GATGTAAATGCTGCTGCCTGTGACCTCGCCAGGGAAGTGG320
321CTGGCAAAGGTGATGCTTTGGTAGCAGGGGGGATCTGCCA360
361GACATCAATATACAAATACCAGAAGGATGAAGCTAGAATT400
401AAAAAACTTTTTCGACAACAGCTAGAAGTTTTTGCCTGGA440
441AAAATGTGGACTTCTTGATTGCAGAGTATTTTGAGCACGT480
481TGAAGAAGCTGTGTGGGCTGTGGAAGTCTTAAAAGAATCA520
521GATAGACCCGTGGCAGTTACCATGTGCATAGGCCCAGAGG560
561GAGACATGCATGATATAACCCCCGGAGAATGTGCTGTGAG600
601GCTGGTGAAGGCAGGGGCTTCCATCGTTGGCGTGAACTGC640
641CGCTTTGGGCCCGACACCAGCTTGAAGACGATGGAGCTCA680
681TGAAGGAGGGTCTTGAGTGGGCAGGGCTGAAAGCGCACCT720
721CATGGTGCAGCCTCTGGGGTTCCACGCGCCTGACTGTGGC760
761AAAGAGGGGTTTGTGGATCTCCCAGAATATCCCTTTGGAC800
801TGGAGTCCAGAGTTGCCACCAGATGGGATATTCAAAAATA840
841CGCCAGAGAGGCCTACAACCTGGGGGTCAGGTACATTGGC880
881GGGTGCTGTGGATTTGAGCCCTACCACATCAGGGCAATTG920
921CAGAGGAGCTGGCCCCAGAAAGGGGCTTTTTGCCACCAGC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。