演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
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基因索引
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Human Gene Atlas›BCYRN1
HUMAN NON-CODING RNA GENE

BCYRN1BC200

brain cytoplasmic RNA 1

BCYRN1 是一種神經小型非信使 RNA，屬於靈長類組織特異性 RNA polymerase III 轉錄本；其可能參與樹突中的蛋白質生合成調控。

Homo sapiens2p21
OFFICIAL SYMBOL
BCYRN1
CHROMOSOME
2
RNA TYPE
lncRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

BCYRN1（brain cytoplasmic RNA 1）屬於非編碼 RNA，不是蛋白質編碼基因。其產物為神經小型非信使 RNA，也是靈長類組織特異性 RNA polymerase III 轉錄本的一例；該基因則歸於散布型重複 DNA 家族。RNA 序列可分為三個區域：5′端與 Alu Lm 同源的部分、中央富含腺苷的區域，以及末端 43 個核苷酸組成的非重複區域。來源並指出，至少已辨識出兩個 BCYRN1 假基因。

Official symbol
BCYRN1
Gene name
brain cytoplasmic RNA 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:1022
RNA type
RNA, long non-coding
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BC200BC200aNCRNA00004LINC00004

異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 22p21
chr2 · 242,193,529 bp · GRCh38chr2p25.3 · 1–4400000 · gnegchr2p25.2 · 4400001–6900000 · gpos50chr2p25.1 · 6900001–12000000 · gnegchr2p24.3 · 12000001–16500000 · gpos75chr2p24.2 · 16500001–19000000 · gnegchr2p24.1 · 19000001–23800000 · gpos75chr2p23.3 · 23800001–27700000 · gnegchr2p23.2 · 27700001–29800000 · gpos25chr2p23.1 · 29800001–31800000 · gnegchr2p22.3 · 31800001–36300000 · gpos75chr2p22.2 · 36300001–38300000 · gnegchr2p22.1 · 38300001–41500000 · gpos50chr2p21 · 41500001–47500000 · gnegchr2p16.3 · 47500001–52600000 · gpos100chr2p16.2 · 52600001–54700000 · gnegchr2p16.1 · 54700001–61000000 · gpos100chr2p15 · 61000001–63900000 · gnegchr2p14 · 63900001–68400000 · gpos50chr2p13.3 · 68400001–71300000 · gnegchr2p13.2 · 71300001–73300000 · gpos50chr2p13.1 · 73300001–74800000 · gnegchr2p12 · 74800001–83100000 · gpos100chr2p11.2 · 83100001–91800000 · gnegchr2p11.1 · 91800001–93900000 · acenchr2q11.1 · 93900001–96000000 · acenchr2q11.2 · 96000001–102100000 · gnegchr2q12.1 · 102100001–105300000 · gpos50chr2q12.2 · 105300001–106700000 · gnegchr2q12.3 · 106700001–108700000 · gpos25chr2q13 · 108700001–112200000 · gnegchr2q14.1 · 112200001–118100000 · gpos50chr2q14.2 · 118100001–121600000 · gnegchr2q14.3 · 121600001–129100000 · gpos50chr2q21.1 · 129100001–131700000 · gnegchr2q21.2 · 131700001–134300000 · gpos25chr2q21.3 · 134300001–136100000 · gnegchr2q22.1 · 136100001–141500000 · gpos100chr2q22.2 · 141500001–143400000 · gnegchr2q22.3 · 143400001–147900000 · gpos100chr2q23.1 · 147900001–149000000 · gnegchr2q23.2 · 149000001–149600000 · gpos25chr2q23.3 · 149600001–154000000 · gnegchr2q24.1 · 154000001–158900000 · gpos75chr2q24.2 · 158900001–162900000 · gnegchr2q24.3 · 162900001–168900000 · gpos75chr2q31.1 · 168900001–177100000 · gnegchr2q31.2 · 177100001–179700000 · gpos50chr2q31.3 · 179700001–182100000 · gnegchr2q32.1 · 182100001–188500000 · gpos75chr2q32.2 · 188500001–191100000 · gnegchr2q32.3 · 191100001–196600000 · gpos75chr2q33.1 · 196600001–202500000 · gnegchr2q33.2 · 202500001–204100000 · gpos50chr2q33.3 · 204100001–208200000 · gnegchr2q34 · 208200001–214500000 · gpos100chr2q35 · 214500001–220700000 · gnegchr2q36.1 · 220700001–224300000 · gpos75chr2q36.2 · 224300001–225200000 · gnegchr2q36.3 · 225200001–230100000 · gpos100chr2q37.1 · 230100001–234700000 · gnegchr2q37.2 · 234700001–236400000 · gpos50chr2q37.3 · 236400001–242193529 · gnegBCYRN1pq1 bp242,193,529 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr2:47,335,315–47,335,514
Gene span
200 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000418539 ★47,335,315–47,335,5141

顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

BCYRN1 的 RNA 可能參與調節樹突中的蛋白質生合成。來源提出，這個基因可能由逆轉位形成，之後被招募至此調控功能；但這項演化來源與功能招募的敘述屬於推測，並未在所提供資料中描述其分子作用細節。

其產物具有神經小型非信使 RNA 的性質，並被列為靈長類組織特異性 RNA polymerase III 轉錄本。來源未進一步說明其如何影響蛋白質生合成，也未提供相關調控步驟、作用對象或實驗條件，因此不能據此推定更具體的機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準：負數為上游、正數為下游，包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 47335315 · 正股
查看轉錄本與 TSS ↗
依所選 TSS 來源，取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算；調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>BCYRN1 ENST00000418539 GRCh38 chr2:47334315-47335415 strand=1 5′→3′
相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter
AGAGCATGTAACTTGTTATTTGGTCATACAAATACATCAGAATAAATTCCACCTCTCTTGTGGAGCCCTT
TTTCCTACATCTGCACAGAAACTGGCACTAGCAGGACTGCAACCGAGGCAGACTCGAGAATTAGCAGACT
CTGGCTCAGGCAGGACAATAGAGCAGCGGGAAATTTCTTTCAAGGGCTTTTGTTGCTGTTGTTGAGATGG
AATCTTGCTGTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCTGTCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCCAG
GTTTAAACGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTAGCTGCGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCAGCT
AATTTTTGCATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACTATGTTGCTCAGGGAGGTCTCGAAACTCCTGACCTC
AGGTGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGTTGAGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCGGCTTGAG
ACCTTGAGGGGCTTTTTAACCAAGAGATGGTGTAGGGACAGAAGCCAGCAAGAAGAACATGGTGGACTCT
CTGTGAGGCCCCAAACCCCAAATCATGAGCCTCCGCCCCCTGAAAGTATTCCAGGATCTCTGAGGGAGGT
TTTGGGAGGGGGCCAAGGTCCTGCAATTGGGTGGGTGGGGCTCCAAGCCATTGTTCTTTGCACATTCATG
CCAATGTGACCTAATTGGCTAAGCACAGGCTGGAGAAGCTAGATAAACCTATTTAAATTCAGAGCCAAAA
GACACTCAAGGATGTTTTCTGAGGGGGTGTGAGGGTTGGAAAATCATCCTATATTTGATTTATCTCCCAC
CTCATGTCCTGAGTCAATTCCTTAGTCTTAGATGAGGGAGACGACTTGGGAGTCATCCTTGTTTTTGATG
AGCTATATAACCCTATGGCCAGCAGAGGGAAGTACTGCATTTCAGAGCGACAATTTGAGATCTATGAAAG
AATTTCAATCGAGAATAAGAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCTCTCAGGGAGGCTAA
GAGGCGGGAGGATAGCTTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCTGCCTGGGCAATA
BCYRN1 位於正股。上下游依轉錄方向計算，序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示；負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控／motif 註解

ENSR2_5F5LDP · CTCF_binding_site · 47334820–47334841 · regulatory

ENSR2_9NR9H · promoter · 47334825–47335325 · regulatory

ENSR2_5F5LGN · CTCF_binding_site · 47335239–47335260 · regulatory

ENSR2_9NR9L · enhancer · 47335326–47335610 · regulatory

ENSR2_C6NS8 · enhancer · 47336193–47337239 · regulatory

ENSR2_C6NSH · enhancer · 47339807–47340889 · regulatory

· motif · 47334559–47334573 · motif

· motif · 47334559–47334573 · motif

· motif · 47334822–47334838 · motif

· motif · 47335241–47335257 · motif

· motif · 47335435–47335455 · motif

· motif · 47336810–47336823 · motif

· motif · 47336834–47336842 · motif

· motif · 47336856–47336869 · motif

· motif · 47336960–47336971 · motif

· motif · 47337561–47337581 · motif

· motif · 47340200–47340212 · motif

· motif · 47340202–47340217 · motif

· motif · 47340202–47340217 · motif

· motif · 47340231–47340243 · motif

· motif · 47340280–47340293 · motif

· motif · 47340280–47340293 · motif

· motif · 47340281–47340294 · motif

· motif · 47340281–47340294 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算；該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

BCYRN1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000418539 ★lncRNA200 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質；細胞核內有核仁，粗面內質網鄰接核膜，粒線體含內膜摺疊，高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位，器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量；未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體：外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡（示意）
定位：尚未取得定位註解
NCBI Gene／RefSeq

動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據／註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預／量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」，空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能BCYRN1 產生神經小型非信使 RNA，屬於散布型重複 DNA 家族，也是靈長類組織特異性 RNA polymerase III 轉錄本。其 RNA 含有與 Alu Lm 同源的 5′端、中央富含腺苷區及末端 43 個核苷酸的非重複區。此基因被認為可能經逆轉位形成，並被招募至調節樹突蛋白質生合成的功能；另已辨識出至少兩個假基因。資料庫紀錄
證據與來源

This gene, which encodes a neural small non-messenger RNA, is a member of the family of interspersed repetitive DNA, and its product represents an example of a primate tissue-specific RNA polymerase III transcript. The RNA sequence is divided into three domains: a 5' portion homologous to the Alu Lm, a central adenosine-rich region, and the terminal 43-nt nonrepetitive domain. It is believed that this gene was retropositionally generated and recruited into a function regulating dendritic protein biosynthesis. At least two pseudogenes of this gene have been identified.

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀，不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識；未逐篇核對原始方法的紀錄，不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000418539 · 200 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列，保留非編碼區。
1GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCTCTCA40
41GGGAGGCTAAGAGGCGGGAGGATAGCTTGAGCCCAGGAGT80
81TCGAGACCTGCCTGGGCAATATAGCGAGACCCCGTTCTCC120
121AGAAAAAGGAAAAAAAAAAACAAAAGACAAAAAAAAAATA160
161AGCGTAACTTCCCTCAAAGCAACAACCCCCCCCCCCCTTT200

cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。

13 / DATA PROVENANCE

資料來源與研究連結

HGNC ↗NCBI Gene ↗Ensembl ↗EPDnewNC v001 · UCSC ↗RNAcentral ↗

HGNC · CC0 ↗ · Ensembl · 資料使用說明 ↗ · EPD team／SIB · CC BY 4.0 ↗ · NCBI／RefSeq · 資料政策與免責聲明 ↗

資料更新：2026-11-01